Plateau de Protéomique

Coordination

Localisation

• Université des Sciences et Technologies de Lille
• Bätiment C4 : spectrométrie de masse
• Bätiment SN3 : micro-séquençage d'Edman, électrophorèse bi-dimensionnelle
• Bätiment C9 : électrophorèse bi-dimensionnelle, chromatographies dédiées à l'analyse des glycannes (éléctrophorèse capillaire, chromatographie ionique).

Réservation, soumission d'échantillons

• Olivia Dekeyzer (pour l'électrophorèse bi-dimensionnelle): Olivia.Dekeyzer@univ-lille1.fr
• Adeline Page (pour la spectrométrie de masse): Adeline.Page@univ-lille1.fr
• Pierre-Eric Sautière (micro-séquençage d'Edman): Pierre-Eric.Sautiere@univ-lille1.fr

Demandes particulières, renseignements généraux

• plateau-proteomique@univ-lille1.fr

Matériel disponible

• 2-D Electrophoresis

Genomics Solutions system and Melanie Software on Sun Station: 3 units, 2000
> 10 Pharmacia or Biorad minigel systems
Phospho Imager (Biorad) 2001

• Dedicated chromatography equipment

Nano-LC and micro-blotter (Appplied Biosystem, 173), 2001
Capillary electrophoresis (Beckman, PACE System 5500) and fluorescence detector dedicated for sugar analysis (Beckman-Coulter, LIF), 2000
Ionic chromatography system dedicated for sugar analysis (Dionex, BioLC), 2001
LC chromatography system dedicated for sugar analysis (Dionex, P580), 2000
Radioactivity detector for nano-LC, early 2002
Nano-LC (LC-Packings, full system coupled to the Q-STAR), 2001

• Mass Spectrometry

nanoESI-Q-q-TOF (Appplied Biosystem, Q-STAR-PULSAR), 2001
MALDI-TOF (Applied Biosystem, Voyager DE Pro), 2000
ESI-Q-q-Q (Micromass, Quattro II), 1997
Nano-ESI-Ion Trap (ThermoFinnigan, LC-Q-deca) early 2002
FT-MS, funded to be installed late 2002, early 2003

• Edman sequencer

(Appplied Biosystem, CLC-Procise), 2000

Remarque: les tarifs ci-dessous concernent des échantillons provenant de travaux universitaires dans le cadre de la Génopole de Lille hors contrats industriels.
 

• Electrophorèse bi-dimensionnelle

Le prix comprend, la fourniture de tous les réactifs et l'accès au traitement des données.

• Séquençage d'Edman ( N Terminal)

4 premiers cycles *	5è au 10è cycles	Cycles suivants
30 € (HT)	20 € (HT)	10 € (HT)

• Spectrométrie de masse et analyse protéomique

Prix donnés pour des spots visibles au Bleu de Coomassie.

Remarques

• Séquençage d'Edman ( N Terminal)

Séquençage de 5 résidus : prix demandé (4 x 30) + (1 x 20) = 140 €
Séquençage de 10 résidus : prix demandé (4 x 30) + (6 x 20) = 240 €
Séquençage de 15 résidus : prix demandé 290 €

Conditions particulières
Ne peuvent être séquencées que des protéines ou peptides purifiés. Une quantité minimale de 20 pmol de produits est requise. Les peptides ou protéines sont donnés pour le séquençage sous forme liquide, dans un tampon compatible avec le séquençage N-term ou transférés sur membrane de PVDF. (Prendre contact avec le responsable du séquençage pour plus d'informations).

• Spectrométrie de masse et analyse protéomique

NanoESI (spot): Spot visible au Bleu de Coomassie, digestion, micro-purification, analyse nano-ESI-MS et MS/MS (sur spectromètre Q-q-TOF), interrogation des banques de données (sous la responsabilité du donneur d'échantillon).

Les colorations au nitrate d'argent et au SYPRO ne sont pas prises en charge dans une première phase dans le cadre du Plateau.

L'identification de protéines modifiées ou inconnues (en particulier la localisation et la détermination des modifications post-traductionnelles) relève de la recherche et non du plateau.

L'interrogation des banques de données est faite sous la responsabilité du donneur d'échantillon.

Exemples de publications

• Proteomics of breast cancer for marker discovery and signal pathway profiling, Hondermarck H, Vercoutter-Edouart AS, Révillion F, Lemoine J, El-Yazidi-Belkoura, Nurcombe V, Peyrat JP. Proteomics 2001; 1:1216-1232.
• The mitogenic signaling pathway for fibroblast growth factor-2 involves the tyrosine phosphorylation of cyclin D2 in MCF-7 human breast cancer cells. Vercoutter-Edouart A, Lemoine J, Smart CE, Nurcombe V, Boilly B, Peyrat J, Hondermarck H. FEBS Lett. 2000, 4;478(3):209-15.
• J. Amino-acid sequence determination and biological activities of a novel thrombin inhibitor from the leech Theromyzon tessulatum: the theromin., Salzet, M., Chopin, V., Baert, J.L, Matias, I. and Malecha, J. Biol. Chem 275, 30774-30780.
• Identification of substituted sites on muc5ac mucin motif peptides after enzymatic o-glycosylation combining beta-elimination and fixed charge derivatization, Czeszak X., Ricart G., Tetaert D., Michalski J.C. and Lemoine J, Rapid Communication in Mass Spectrometry, sous presse
• On-chip microfluidics for proteomic analysis by electrospray ionization/mass spectrometry, Pierre Tabourier, Christian Druon, Christian Rolando and Patricia Lefebvre, 1st EMBS Special Topic Conference on Microtechnology in Medicine & Biology, 2000, ISBN 0-7803-6603-4, pp 439-444

• Programme Génopole « Projet transverses de la Génopole de Lille »
• Analyse protéomique du processus de cancérisation : mise en évidence de marqueurs tumoraux et de cibles thérapeutiques. Coordinateur :  H. Hondermack
• Nouvelles méthodologies bioinformatiques pour les pathologies multifactorielles et pour la protéomique. Coordinateur : J.P. Delahaye.
• La régulation O-glycosylation-phosphorylation dans les maladies neurologiques. Coordinateur : J-C Michalski
• Développement des outils de séquençage à haut débit pour l’étude du protéome. Coordinateurs : C. Rolando.
• Recherche de nouveaux marqueurs protéiques, peptidiques, et génétiques pour le dépistage des maladies cardiovasculaire et inflammatoires; prolongements thérapeutiques. Coordinateur : M. Salzet
• Programme RMNT (réseau national de micro et nanotechnologie) : Protéomique intégrée. Christian Rolando, Christian Druon, Michel Salzet.
• Programme GénoPlante, Approche de génomique fonctionnelle pour l’étude de la biosynthèse de l’amidon,  Steven Ball
• Programme GenHomme Après-séquençage Génomique: Identification de nouvelles cibles anticancéreuses par approche protéomique, Jean-Claude Michalski, 2001 ;
• Programme GenHomme Après-séquençage Génomique: BioChipLab. Christian Rolando, Christian Druon, 2002.
• Appel d’offre incitative « Bio-informatique » : Developpement d’une plateforme logicielle glyco-protéomique: étude structurale et annotation de la glycosylation post-traductionnelle des protéines, Jérôme Lemoine, Marie-Pierre Van Hoecke.