Plateforme de Génomique fonctionnelle

Activités de recherche de la plateforme

Responsables de l'expérimentation: KERCKAERT JEAN-PIERRE DR1 INSERM ; DANZE PIERRE-MARIE, MCU-PH

• Méthodologies utilisées :

  
  

  Analyse de l'expression d'ARN (transcriptome) sur puces à oligonucléotides longs - Analyse des variations de l'ADN génomique par hybridation génomique comparative à haute résolution (CGH microarray).

 

• Champs d'investigation :

  
  
  • transcriptome : facteurs de transcription, apoptose, signalisation cellulaire
  • Chimio-résistance/sensibilité aux médicaments anti-tumoraux
  • pancréas-diabète, différenciation cellulaire, cellules souches
  • cancer : transcriptome, Hot Spot CGH array, allélotypage, pouvoir invasif, métastases

 

• Résumé des activités de la plate-forme :

  
  

  1. Sujets en cours : Conception et production de puces en cours d'utilisation dans les projets suivants :
     
     

     • Mise au point et développement d'une technique de profiling à haute résolution de l'ADN génomique par CGH array sur des régions chromosomiques ciblées :
       • région 17p (120 sondes couvrant 30 Mb) et pour l'étude du pronostic, de la survie et la classification dans leucémies aiguës myéloïdes et myélodysplasies associées à des délétions du bras court du chromosome 17.
       • région 12p (100 sondes couvrant 6 Mb autour du gène Tel) pour l'étude du pronostic, de la survie et la classification dans leucémies aiguës lymphoblastiques de l'enfant.
       • régions 1p et 19q (30 + 30 sondes couvrant 3 + 3 Mb) pour l'amélioration du diagnostic, du pronostic et de la prise en charge thérapeutique des tumeurs gliales.
     
     
     • Analyse transcriptomique sur oligoarrays de 1920 gènes humains impliqués dans l'apoptose, la différenciation et le cycle cellulaire, la signalisation cellulaire et la régulation de la transcription (sets d'oligos 60 mers de Sigma-Genosys-Compugen) :
     • Réponse transcriptionnelle de cellules cancéreuses colorectales aux dérivés de la camptothecine
     • Réponse transcriptionnelle de différents facteurs (TNF, SF, Fel, Rel)
     
     
     • Analyse transcriptomique sur oligoarrays de 250 gènes pancréatiques sélectionnés pour leur implication dans les cellules de Langerhans. (design des oligonucléotides de 75 mers et synthèse réalisée par Operon, Qiagen).
     
     
     
     • Analyse transcriptomique sur oligoarrays de 250 gènes placentaires sélectionnés pour leur implication dans les fonctions de développement placentaire. (design des oligonucléotides de 60 mers et synthèse réalisée par Sigma-Genosys-Compugen).

   

  2. Projets en développement et en préparation :
     
     

     • CGH array :
       
       
       • Design d'une puce (60 à 120 sondes) pour l'étude de la susceptibilité et du pronostic dans les cancers familiaux (MEN, VHL, FAP, HNPCC).
       
       
       
       • Collaboration Lille-Strasbourg (dans le cadre d'un projet commun aux cancéropôles Nord-Ouest et Grand-Est) pour la mise au point d'une puce (60 à 120 sondes) pour l'analyse CGH de Hot Spots dans les tumeurs et xénogreffes de tumeurs humaines (Côlon, rein, poumon, ostéosarcomes) et pour l'étude des déséquilibres génomiques associés au potentiel invasif et métastatique des cancers colo-rectaux.
       
       
       
       • Projet de design d'une puce de 80 à 150 sondes sub-pantélomeriques pour l'étude diagnostique du retard mental en pédiatrie.
       
       
       
       • Design d'une puce pour le pronostic de la Leucémie Lymphoïde Chronique.
       
       
       
     • Transcriptome :
       
       
       • puces pangénomiques 18 K humains et 22 K souris sur oligos longs (projet de partenariat avec la Société Sigma-Génosys Compugen).
       
       
       
       • Participation à des projets transverses régionaux (Génopole de Lille et Institut de Médecine Prédictive et de Recherche Thérapeutique de Lille ), notamment le projet "ColoMed" sur la recherche de nouvelles stratégies de chimiothérapie des cancers colorectaux. Participation aux projets fédérateurs du "Cancéropole Nord-Ouest".
       
       
       
       • Projet de collaboration avec la Génopole de Toulouse dans le cadre du " consortium PPAR " soutenu par l'ACI Médicament 2002 et permettant une complémentarité Homme/souris sur l'étude de cellules pancréatiques et d'adipocytes.
       
       
       

 

• Innovation technologique

  
  

  20 à 30 % du temps est réservé aux développements avec la participation de stagiaires. Les axes actuels sont :

  • Mise au point de la technique de CGH-microarray haute résolution
  • Evaluation de la reproductibilité et de la répétabilité des techniques utilisées (projet en relation avec le service de bio-informatique de l'Université de Lille 2 et le CIB de la Génopole).
  • Evaluation des techniques utilisant la révélation par "light scattering particles"
  • Mise en place des méthodes de protein array

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