BioInformatique

Présentation

La plateforme technique de bioinformatique, appelée le CIB (Centre Intégré de Bioinformatique), est un plateau destiné à mettre à disposition des chercheurs de la Génopole,

de la puissance de calcul,
un espace de stockage des données produites par les équipes de recherche,
des accès aux logiciels les plus utilisés,
le savoir-faire et les compétences en informatique et bioinformatique des ingénieurs du CIB pour l'exploitation des données , la création d'algorithmes et le développement de logiciels en bioinformatique,
du support aux équipes de recherches du Laboratoire d'Informatique de Lille (LIFL)
des cycles de formation à la bioinformatique.

Les personnes :

El-Ghazali TALBI, responsable de la plateforme ;
tél : 03 28 77 85 53 ; fax: 03 28 77 85 37 ; email : talbi@lifl.fr
Régis BEUSCART, co-responsable de la plateforme ;
tél : 03 20 62 69 70 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : rbeuscart@univ-lille2.fr
Minh Ngoc HOANG, professeur ;
tél : 03 20 62 34 53 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : hoang@univ-lille2.fr
Cristian PREDA, professeur ;
tél : 03 20 62 68 01 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : cpreda@univ-lille2.fr
Clarisse DHAENENS, maitre de conférences ;
tél : 03 28 77 85 52 ; fax: 03 28 77 85 00 ; email : dhaenens@lifl.fr
Julien SOULA, ingénieur ;
tél : 03 20 33 71 86 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : soula@lifl.fr
Arnaud SCHLOESING, ingénieur ;
tél : 03 20 33 71 86 ; fax: 03 20 52 10 22 ; email : aschloesing@chru-lille.fr
Pierre LAURENCE, ingénieur ;
tél : 03 28 77 85 49 ; email : laurence@lifl.fr
Fabien PAMELARD, ingénieur ;
tél : 03 28 77 85 49 ; email : pamelard@lifl.fr
Christian COSTERMANS, doctorant ;
tél : 03 20 62 34 53 ; email : ccostermans@univ-lille2.fr
Trang TRAN, doctorant ;
tél : 03 20 62 34 53 ; email : trang.tran@univ-lille2.fr

La localisation :

Une partie du CIB est accueillie à l'Université de Lille1 - Bureaux 204,230 et 231 (2ème étage - extension) - Bât M3 - LIFL.
Une autre est accueillie à l'Université de Lille2 - Pôle recherche la faculté de médecine de Lille - Laboratoire du CERIM.
Le serveur est installé dans la salle serveurs du CERIM, faculté de médecine de Lille.

L'enseignement :

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Ressources informatiques

Le serveur choisi est une machine à deux fois quatre processeurs ES40 en cluster de marque COMPAQ, dont la puissance totale est 8*667Mhz.
Capacité de stockage disque dur : 36 disques de 18 Gigaoctets.
Le SGBD (Système de Gestion de Bases de Données) choisi est Oracle 8i.
Le site web : structuré en espaces dédiés aux plateaux techniques, domaines transverses et thèmes de recherche (pathologies) de la génopole. Une partie du site est privée, accessible par mot de passe.
Machine parallèle : le CRI (Centre de Ressources Informatiques) de l'USTL met à la disposition du CIB sa machine parallèle IBM à 4*16 processeurs SP3 et son logiciel de datamining Intelligent Miner.

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Services offerts

listes de diffusion : le CIB propose de gérer des listes de diffusion (mailing lists) du type nomdeliste@genopole-lille.fr;
annuaire : un annuaire des membres des laboratoires de la Génopole. La recherche peut s'effectuer sur différents critères : nom de personne, de laboratoire, thème de recherche etc ...;
moteur de recherche : le site web contient un moteur de recherche à 3 niveaux :
- recherche sur des mots appartenant à une liste de mots-clefs dans le site www.genopole-lille.fr
- recherche sur tous les mots des pages dans le site www.genopole-lille.fr
- recherche sur les sites web connexes (en cours de développement).
formations : le CIB propose des cycles de formations courts à la bioinformatique ouverts aux chercheurs et stagiaires des laboratoires de la Génopole; voir les résultats de l'enquête.
logiciels : des logiciels publiques de bioinformatique sont mise à disposition sur ce site; ils s'exécutent sur le serveur du CIB; deux types d'accès sont proposés selon les possibilités : `
- soit à travers une interface web;
- soit directement sur la machine serveur; dans ce cas, un "compte unix" est nécessaire
R&D (recherche et développement) : le CIB propose de développer des logiciels "maison" pour répondre aux besoins des laboratoires dans le cadre de projets de recherche ou de développement; Les logiciels suivants sont dès lors accessibles : XXFrag, clones FindExpress Oligo
bases de données : le CIB propose également des services de développement et d'hébergement de vos bases de données, ainsi que le développement d'interfaces de traitement des données hébergées. Plusieurs base en cours de développement : une base de gel 2D, une base de spectre de masse et une base de biopuce

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Projets de Recherche & Développement

Projets de recherche dans lesquels le CIB ou les équipes de recherche en informatique et bioinformatique de la Génopole sont impliqués.

Glycoprotéomique
Projet co-financé par la Région Nord-Pas de Calais et le CNRS.
Partenaires :
Laboratoire de glycobiologie structurale (UMR 8576 - USTL), Jêrome Lemoine : jerome.lemoine@univ-lille1.fr
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille , Marie-Pierre Van Hoecke : vanhoeck@lifl.fr, Benoit Planquelle : planquel@lifl.fr
Sujet : interprétation automatique de spectres de masse de glycannes et de glycoprotéines, création d'une base de données de N- et O-glycannes, annotation des glycoprotéines.
Résultat : un premier prototype permettant l'interprétation automatique de spectre de masse de glycannes est disponible ainsi qu'une plateforme visuel (Glycoseek) intégrant cet outil et une base de données de spectres de Glycannes
Microarrays
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Génétique moléculaire et approches thérapeutiques de hémopathies malignes, Jean-Pierre Kerckaert : jpk@lille.inserm.fr
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille , Marie-Pierre Van Hoecke : vanhoeck@lifl.fr, Valérie Cognat : cognat@lifl.fr
Sujet : structuration, stockage et traitement de gros volumes de données issues du plateau technique de génomique fonctionnelle. Application à l'étude de la fonction du gène LAZ3 et de la bactérie Bordetella pertussis
Résultat : Mise en place d'une base de données et d'outils d'analyse (prévu pour février 2003)
Datamining
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille , El Ghazali Talbi : talbi@lifl.fr
Laboratoire de génétique des maladies multifactorielles, Sophie Gallina : S.Gallina@mail-good.pasteur-lille.fr
Sujet : evolutionary feature selection for disease prediction. Développement d'outils de datamining pour découvrir les facteurs génétiques impliqués dans les maladies multifactorielles.
Résultat : Programme de sélection d'attributs et de clustering à base d'algorithmes génétiques
Intégration d'outils
Projet financé par la Région Nord-Pas de Calais
Partenaires :
Laboratoire de génétique des maladies multifactorielles, Sophie Gallina : S.Gallina@mail-good.pasteur-lille.fr
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille , Jean-Paul Delahaye, delahaye@lifl.fr

Participation :
DESS de Bioinformatique de Lille
DESS Etudes des génomes: outils informatiques et statistiques

Sujet : Intégration/développement d'outils pour l'analyse et l'annotation de données génomique et post-génomiques. Application pour l'étude de maladies complexes (diabète et obésité).
Résultat :
- Logiciel de sélection de SNP pour l'aide au clonage positionnel.
- Logiciel d'annotation automatique de transcrits (identification, localisation et fonctions Gene Ontology)
- Mise en oeuvre des parties client et serveur d'un protocole pour la gestion d'annotations distribuées (DAS). Utilisation pour l'intégration
  - d'annotations génomiques publiques et locales (produites par les 2 précédents logiciels)
  - de données spécifiques à l'étude de maladies complexes (liaison génétique, déséquilibre de liaison)
Gels Bidimensionnels
Partenaires :
Laboratoire de Biologie du Développement, Hubert Hondermarck : Hubert.hondermarck@univ-lille1.fr
Centre Commun de Spectrométrie de Masse, Christian Rolando : Christian.Rolando@univ-lille1.fr
Laboratoire d'Épidémiologie des maladies chroniques, Florence Pinet : florence.pinet@pasteur-lille.fr
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille , Marie-Pierre Van Hoecke : vanhoeck@lifl.fr, Benoit Planquelle : planquelle@lifl.fr
Sujet : mise à disposition sur le site web d'une base de données d'images annotées de gels bidimensionnels de cellules épithéliales mammaires humaines normales ou cancéreuses.
Résultat : Version de démonstration de la base de données.

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L'équipe du CIB - - cib@genopole-lille.fr (derniére modification le 15 Sep 2005)