Logiciels

FindExpress

contacts:

• Laboratoire d'Etudes Transcriptomiques et de Génomique Appliquée - Plateforme Biopuces, Institut Pasteur de Lille
  • Erwan Levillain
• Centre Integré de Bioinformatique, Lille 2
  • Julien Soula

objectifs du logiciel:

FindExpress est un logiciel qui permet le design d'amorces spécifiques pour un ensemble donné de séquences nucléotidiques (de type gènes). Pour une expérience de transcriptomique, ces amorces permettront de marquer spécifiquement les ARNm dont les représentants géniques sont présents sur la biopuce (produits PCR ou oligo longs). Il est donc utilisé principalement avec les organismes procaryotes puisque leurs ARNm ne sont pas polyadénylés et que le logiciel permet d'exlure, au choix de l'utilisateur, tout un ensemble de séquences donné (généralement les ARN ribosomiques).

• En premier lieu, il faut sélectionner le type d'amplification de séquences utilisé : PCR(Polylérase Chain Reaction) ou oligos long